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Honey Kisaragi é uma estudante católica normal, até o dia em que seu pai é assassinado pela organização "Garra de Pantera". Após sua morte, ela descobre que é na verdade um andróide criado por ele e dentro dela está um dispositivo que pode "criar matéria do ar". Com seu grito de "Honey Flash!" ela pode usar o dispositivo para se transformar no super-herói ruivo empunhando uma espada, Cutie Honey.
Enquanto frequentava a Saint Chapel School for Girls, Honey busca vingança contra a Panther Claw, que é governada por Panther Zora e sua irmã mais nova, a irmã Jill. Zora quer "os itens mais raros do mundo" e busca o dispositivo de Honey, enquanto Jill, líder da divisão do grupo no Japão, "só quer as melhores riquezas" e tem uma queda por Honey.
Honey é ajudada em sua jornada por Danbei Hayami e seus dois filhos, o jornalista Seiji e o jovem Junpei.